Ana konu: Shinobi Örgütsel Sistemi
Chūnin(Chuunin, "Orta Seviyeli Ninja") diğer ninjaları izleyen ve yönlendiren bir ninja olarak sınıflandırılır. Chūnin esas olarak liderlik becerileri ve ihtiyatlı bir cesaret gibi bir olgunluk seviyesine ulaşmıştır. Bazıları (Iruka Umino gibi) öğretmen, diğerleri (Shikamaru Nara gibi) bu pozisyonda küçük takım lideri olarak görev yapar - karar verme ve shinobi becerilerini tam olarak kullanmak için- Chūninlere,genellikle C düzeyi veya B düzeyi görevler gönderir.
Chūninler
Chūnin olmak için Genin ekibi ile "Chūnin Sınavları" olarak bilinen ana sınava katılınır. Bu sınav üç aşamalı bir testtir: ilk aşama (ninja felsefesini ayrıntılı olarak anlamak) bilgi toplama ve karar verme yeteneklerini test etmek,görev ve kurallara uyma testlerinin ikinci aşaması ve ilk iki aşamayı geçenler arasında üçüncü aşama.Bu, durumun böyle olup olmadığına karar veren bir konseyin gözetimi altında savaşmayı da içerir. Sonuç gerçekten kimin kazandığına değil, kavgalar sırasındaki sonuçlara bağlıdır.